O Projeto Mamíferos Marinho foi criado em 1988 com objetivo de Proteger os Mamíferos Marinhos e seus ecossistemas no Litoral Sul do Brasil através de ações em Pesquisa, Monitoramento e Educação Ambiental.
A Baleia Franca (Eubalaena australis) migra para o litoral Sul do Brasil em períodos de reprodução e criação de filhotes (inverno e primavera) onde, seu principal ponto de concentração é a Ilha dos Lobos. Dóceis e lentas, apresentam calosidades na cabeça.
O Boto Tursiops truncatus durante todo o ano pode ser avistado nas desembocaduras dos rios Mampituba e Lagoa dos Patos em busca de cardumes de peixes.
A LONTRA(Lutra longicaudis) ocorre em uma grande variedade de habitats como arroios e banhados e os oceanos associados a lagoas costeiras.
Já o lobo marinho do peito branco (Arctocephalus tropicalis) é habitante das ilhas isoladas subantárticas e ocasionalmente, durante deslocamentos erráticos, aparecem no litoral Sul. O lobo marinho (Arctocephalus australis), possui hábitos mais oceânicos e também ocorre nos Refúgios. Pode atingir cerca de 1,80m e os machos podem pesar cerca de 150 kg. Pode ser identificado por seu focinho pontudo e orelhas visíveis. Geralmente são filhotes que aparecem nas praias do Rio Grande do Sul
O leão marinho (Otaria flavescens), é um grande pescador. Possui uma Juba avermelhada e se alimenta basicamente de pescados. Pode atingir cerca de 3,0 metros de comprimento e pesar até 300Kg. Pescadores e leões marinhos estão sempre proximos a grandes cardumes. As vezes os leões marinhos comem nas redes e acabam rasgando-as. Este conflito gera agressões que são a principal causa de mortalidade desses animais.
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